Родилась в семье Вильяма Мебарака и Нидии дель Кармэн. Её отец был владельцем ювелирного магазина на Сан Блас. Отец-ливанец и мать-колумбийка дали ей имя, которое в переводе с арабского означает «женщина, полная изящества и благодати», а на хинди — «богиня света». Шакира — последний ребёнок в семье.

Ее детство прошло в Барранкилье, в апартаментах Эль Лемонсито, среди книг и латиноамериканских ритмов. Через некоторое время стала проявлять интерес к музыке и литературе. В три года научилась читать и писать, а в четыре года уже стремилась пойти в школу, но негибкость местных законов образования не позволили ей этого сделать.

В четыре года начала писать стихи. Родители сначала думали, что их дарование станет поэтессой или художницей. В школе же учителя видели в ней балерину, поскольку она часто танцевала. Излюбленным и по сей день её танцем остаётся танец живота.

В 8 лет написала песню «Твои темные очки» («Tus gafas oscuras») под впечатлением оптики дона Виллиама.